OSのUI言語で優先的につなぐドメインを決めているようで、英語UIにしていればcomのほうに優先的につながるという厄介な面もあります……
というかパスワードを変えるとつながるってのもすごいですね。

アカウント統合の際にパスワードが同じだとうまくいかないというのをどこかで読んで、類推して試してみたのですが、それで出来てしまって驚きました。

それと、パスワードを変える前に、Androidの言語設定を English (United States) に変更するというのも試してみたのですが、その時もco.jpの方になってしまっていた気がします。

わたしも同じ状況で、comとco.jpで別アカウント、でもメールアドレスとパスワードはいっしょ、になってて、携帯電話は英語UIでcomにつながり、タブレットでは日本語UIでco.jpにつながっています。

とすると、キンドルアプリ側に実は隠れ状態があって、co.jpを優先するかcomを優先するかが最初の起動時とかログイン時とかに覚えられてしまい、それ以降にUI言語を変えても意味ない、みたいな感じなんですかねー。