Process.destroy() の前に必ずすべてのストリームをcloseすること http://d.hatena.ne.jp/Oswald/20100426/1272240082 をし忘れてしまっていた。

サブプロセスの標準入力 process.getOutputStream() は閉じてたんだけど、サブプロセスの標準出力 process.getInputStream() と、標準エラー出力 process.getErrorStream() を閉じるのを忘れてたのと、process.destroy()をし忘れてた。

via https://plus.google.com/u/0/108534098722103179819/posts/hW1yFD2ZnSY